太猛了！不到五分钟，竟做出导师都满意的KEGG通路图......
如此高逼格火币pro官网下载，才配得上我的paper!
当我们通过高通量实验（芯片、测序、IP-质谱）或公开数据库（GEO、TCGA、Oncomine）下载分析获得的差异表达分子列表后，在后续的功能注释过程中，几乎都会涉及到KEGG注释及富集分析火币pro官网下载。
那么当我们找到某些感兴趣的基因或通路后火币pro官网下载，能不能仅用我们感兴趣的基因绘制漂亮的KEGG代谢通路图呢？就像下面这样的！
答案是肯定的，今天小编给大家分享两种自主绘制高逼格KEGG通路图的方法，让大家通过点点点就能追上那些女神般的Pathway火币pro官网下载。
方法一
登录官网下载。
展开全文将Excel表里面GeneSymbol基因拷贝至Provide your identifiers下面的输入框中
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接着分别设置select options下面三个为Gene name、UniProtKB、Homo sapiens (Human)[9606]，然后点击submit按钮，可跳转新页面显示转换的结果火币pro官网下载。
左方导航栏里点击Reviewed的按钮，右方表格上方有Download按钮，将格式改为Excel，点击Go下载表格火币pro官网下载。
将压缩包解压后，打开Excel表，将转换后的网页第二列即Entry这一列拷贝到原来的excel表里面火币pro官网下载。
然后打开KEGG官网官网下载。 在 KEGG Mapper页面点击Search & Color Pathway
火币pro官网下载。 将转换好的基因以及标记的颜色从Excel中黏贴至输入框中
火币pro官网下载。一般设定用红色标记上调的分子，蓝色标记下调的分子，有特殊需要可以特殊标记。 然后设置其他参数， Organism-specific默认为hsa、Optional use of outside ID选择uniprot、Include aliases勾上不变，最后点击下方Exec按钮
火币pro官网下载。 在跳转的页面里，显示检索的结果，可以看到一共有138条通路被富集到了，这些检索的结果就是后续柱状图的素材来源
火币pro官网下载。 点击信号通路
火币pro官网下载，可进入通路图谱页面，这里可以打开参与通路分子最多的信号图谱看一下； 先将KEGG Mapper Search Result中的数据结果按分子数量整理一个表格，收集5-10个分子这个区间，一共有26个通路
火币pro官网下载。 然后，在excel表里面进行数据转置，由竖行排列转置为横行排列
火币pro官网下载。 打开prism8软件
火币pro官网下载，选择column，然后点击Create按钮， 将横置后的数据拷贝至data1中，点击Graphs中的Data1，在跳出窗口中选择第4个选项，点击OK
火币pro官网下载。 通过调节柱子颜色、X轴和Y轴长度和名称等个性化设置后，就可以获得好看的横向柱状图
火币pro官网下载。 方法二
Pathview本是一个通路可视化友好的R包，支持多组学数据映射（基因/蛋白-代谢）
火币pro官网下载。现阶段更是开发出了一个界面友好的在线工具界面Pathview网页版，成为了一个能在相关通路图上绘制、整合和呈现各种生物学数据的数据库。 该网站不仅可以提供简单的交互式访问，还能生成高质量的超链接图形
火币pro官网下载。而在正式分析前，我们需要将感兴趣的通路和基因整理成以下表格，第一列为基因名称（各种Id,symbol都可），后面几列为相对表达值。 而后，将预准备好的基因和表达水平从excel拷贝到txt文本，保存
火币pro官网下载。 接下来，进入Pathview官网官网下载
。在新的页面中点击New Analysis，再点击Gene Data右边的选择文件按钮，选择刚才保存的txt文件火币pro官网下载
。在新跳出窗口的左边选择前3个作为对照组，右边选择后3个作为实验组，点击close，如果点错了还能回去继续修改火币pro官网下载
。接下来Gene ID Type格式选择uniprot火币pro官网下载
，Pathway Selection选择Auto，点击Submit按钮；等进度条走完，再点击Analysis Result and logs按钮，可以看到结果汇总有3条通路火币pro官网下载
。点击链接即可出现相应的通路图：PI3K-AKT通路、Apotosis通路、Focal Adhesion通路火币pro官网下载
。至于为什么KEGG Mapper检索出来有136条，而Pathview最终却只有3条通路，而且这3条归属于136条之内：这是由于数据库收录来源和算法不同等客观原因造成火币pro官网下载
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