全网最全！TCGA新版数据下载与整理教程来了！来抄作业！
Hi火币pro官网下载，大家好，我是晨曦
今天这期推文火币pro官网下载，我们暂时先中断一下孟德尔随机化的学习（Ps：绝对不是还没有写完QAQ）
这期推文其实很早就想写出来了火币pro官网下载，因为TCGA数据库的更新已经过去几个月的时间了，但是因为种种原因一直到今天才可以和大家见面，那么这期推文的主题自然是不言而喻，我们一起来看一下新版本TCGA数据库的下载
那么火币pro官网下载，我们就开始吧
引言
TCGA数据库在四月份的时候经历了一次更新火币pro官网下载，这次更新可能就会导致很多小伙伴以前TCGA下载的代码就无法使用了，那么正好，晨曦本身其实是非肿瘤领域的，对于肿瘤数据的使用并不是十分熟悉，也就是约等于大萌新，正好趁这个机会和大家一起进行学习
首先火币pro官网下载，TCGA数据库这次更新，主要是把数据进行了整合，因为我们经常使用的其实是转录组层面的数据，所以针对转录组层面的更新主要有以下几点：
1.TCGA转录组层面的数据进行了打包火币pro官网下载，也就是说一次下载可以得到counts、TPM、FPKM三种类型的数据，而不需要我们单独下载；
2.TCGA数据采用了最新的注释且Gene symbol已经帮助我们注释好了火币pro官网下载，不需要我们额外进行注释；
3.转录组层面的数据自带RNA类型火币pro官网下载，也就是说我们可以方便的区分编码RNA和非编码RNA；
更新主要就是在上述这三方面火币pro官网下载，然后关于数据的下载，网络上其实有很多教程，但是晨曦这里推荐大家使用TCGAbiolinks包来下载数据，因为真的很方便同时也可以节省我们整理数据的时间，那么我们下面就进行代码演示
代码演示
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")
一个是 先行版火币pro官网下载，一个则是 稳定版，下载 哪个都是可以的，TCGAbiolinks包如果下载的时候出现是否更新依赖包，可以先选择不更新，如果报错，那么就老老实实的更新就可以，因为TCGAbiolinks包中的某些依赖包要求的版本型号
#查看可以下载的数据类型getGDCprojects$project_id
COAD <- GDCquery(project = "TCGA-COAD",data.category = "Tranome Profiling",data.type = "Gene Expression Quantification",workflow.type = "STAR - Counts")GDCdownload(COAD,method="api")
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上述代码运行完毕后火币pro官网下载，会在你的 当前路径下创建一个GDCdata文件夹，然后并会自动连接TCGA网站进行数据的下载，那么这个时候问题来了， 这里和以前的代码有什么区别呢？
既然解答完了第一个问题火币pro官网下载，那么我们继续~
我们可以看到通过GDCprepare函数整理后的数据包含了以上数据类型火币pro官网下载，那么这里我们只需要知道下面这几种就可以，分别是：
1.Counts = "unstranded"
2.tpm = "tpm_unstrand"
3.fpkm = " fpkm_unstrand"
然后我们既然了解了数据类型火币pro官网下载，那么我们就需要进一步把我们需要的数据提取出来
这个时候火币pro官网下载我们需要 进一步处理我们的数据来让它符合我们后续的要求
然后我们就需要 把我们感兴趣的信息提取出来火币pro官网下载，然后 和表达数据进行组合
然后接下来我们只需要通过 简单的取子集或者filter函数就可以获得mRNA表达数据还是lncRNA数据（注意：一般我们下载的转录组都会提供mRNA和lncRNA的表达数据火币pro官网下载，我们简单提取就可以了）
至于如何获得分组信息火币pro官网下载，那个和以前并没有任何区别，也就是说以前的代码在这里是没有改动的，可以直接套用
然后到这里我们就掌握了mRNA以及lncRNA数据的下载火币pro官网下载，是不是感觉TCGA更新后让我们处理数据更加简单便捷了呢~
然后再简单浏览一下关于临床数据的下载火币pro官网下载，也是很简洁的
当然火币pro官网下载，很多小伙伴会说，有没有全部癌症和临床数据都下载好的 打包形式啊，其实这项工作已经有很多老师做过这类整理工作了，各位小伙伴可以在公众号搜索一下，就能看到别的老师打包好的数据，但是对于网速可以的小伙伴，现用现下载也是没有任何问题的
那么火币pro官网下载，本期推文到这里就结束啦~
小小OS：除非是那些比较曲折以及管理比较严格的数据（比如单细胞EGA数据库的数据）火币pro官网下载，否则数据下载只要有一个普适的需求，那么一定会在网上找到相关的方法，本期推文希望可以成为各位小伙伴的一个“引路人”，帮助各位小伙伴快速简洁的掌握TCGA数据下载，那么这篇推文就达到了晨曦书写他的目的，参考教程里面是晨曦觉得写的很出色的教程，各位小伙伴也可以按需读取
我是晨曦火币pro官网下载，我们下期再见~
参考资料：
1.官网教程：/
2.更新：/
— END—
撰文丨晨 曦
排版丨三叶虫
编辑丨三叶虫
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